澳门科学馆标志图像部分线条简洁，不仅呈现出澳门科学馆主体大楼的形状，同时亦巧妙地以简单的线条勾画出大楼的内外两面，恰似一个正被打开、不断将知识向公众传播的书卷，充分表达出澳门科学馆向公众展示各种先进科技和自然现象背后的科学理论的使命。它的线条配搭除看似一个正被打开、不断将知识向公众传播的书卷以外，同时为视觉感官带来错觉，产生时而由上而下、时而由下而上的两歧图形。设计更兼具向左、右两边展开旋转的双重视觉效果，代表着澳门科学馆以多角度向公众展现科学技术的发展与应用；而配色方面则以绿色渐变蓝色为主。绿色代表着生命，而蓝色则代表着孕育生命的海洋。由绿渐变成蓝反映出生命与海洋之间息息相关，并提示我们要珍惜及小心维护大自然的生态平衡。