海南医学院校徽由中英文名和学校标识医学宝鼎构成。

“医学宝鼎”主体图案有药碾子、碾滚子、碾轴、鼎、记载体甲骨文、书简和数码光碟组成，象征着海南医学院在教育学术和研发创新领域的专业性和权威性，体现出海南医学院遵循医学誓言，崇尚“医”言九鼎。

“药碾子”是最具中华传统医学特色的工具，以传统医学表现对文化的传承，以不锈钢做的碾磙子，这一现代特性的材料演示对太阳、数码光碟和细胞的释义，碾轴演化为珍珠和细胞核，寓示海南医学院是南海医学明珠，象征生命之光、医学科技之光和人类文明之光。

“鼎”由书籍构成，鼎是记载人类文明的器物，是现代医学文明的一种具有海纳百川有容乃大的博大胸襟，更是医学知识的圣殿。鼎上不舒展的线条和碾磙子共同构成的画面，如南海医学海洋上一轮冉冉升起的太阳，寓示海南医学院蓬勃发展和永远向上的精神风貌。