南方医科大学校徽整体呈盾牌形，由多元素巧妙组成，各设计元素内涵如下：

皇冠：皇冠在西方文化中是顶级水平的象征，校徽顶端用皇冠意指要把学校建成国内一流、国际有影响的多科性医科大学的办学目标。

麒麟：校徽上方两只奋力攀登的麒麟是中国传统文化中的瑞兽，象征祥瑞、繁荣与昌盛，同时也含有南方医科大学坐落于麒麟岗的寓意。

木棉花：木棉花是广州市花，表达了南方医科大学地处广州这个国际大都市的地理优势，同时一朵盛放的木棉花，也象征了南方医科大学欣欣向荣的景象和持续发展的势头。

双蛇杖：双蛇杖可作为医学事业的象征，表达了学校的办学性质是以医科为主的多科性医科大学。

飘带：波浪状的飘带寓义南方医科大学人具有活跃的创造性思维和始终坚持改革开放的办学思路。

橄榄枝与五星：两束相对的橄榄枝环抱在校徽两侧，既是军队的象征，也是人类健康、和平友好的象征。鲜红的五星表达出了建设一流医科大学的雄心。同时校徽通过橄榄枝与五星也表达了学校前身为中国人民解放军第一军医大学的历史沿革，以及学校发扬军队优良传统，建设一流大学的决心。

南方医科大学：学校中文全称（毛体），体现了办学指导思想。

SOUTHERN MEDICAL UNIVERSITY：学校英文全称。

1951：表达了学校于1951年建校的办学历史。

盾牌：整个校徽为盾牌形，表达了学校甘作医疗卫士保卫人民生命与健康的理念。