南大学是我国最早建立的高等学府之一，其前身三江师范学堂创建于1902年，1921年经近代著名教育家郭秉文先生竭力倡导，以南京高等师范学校为基础正式建立东南大学，成为当时国内仅有的两所国立综合性大学之一。郭秉文先生出任首任校长。他周咨博访、广延名师，数十位著名学者、专家荟萃东大，遂有“北大以文史哲著称、东大以科学名世”之誉。和南京大学选用新校训不同的是，东南大学在百年校庆时经过广泛的讨论，多方征求专家学者的意见，恢复了原来“止于至善”的老校训。

对校训颇有研究的东大人文学院董群教授说，“止于至善”是老东南大学的校训，当时的银质圆形校徽就将此训镌于其上。恢复这一老校训的原因之一是出于历史和生命意识的考虑，即校训要反映出东南大学的悠久历史传统和生命底蕴。“至善”，也可以理解为“最好”的境界，不只是满足于较好、更好，而努力达到最好、第一流、高水平。做学生，要力争成为最好的学生；做老师，要成为最好的老师；做管理，要达到最佳的管理；办大学，要办成一流的大学。“止于至善”是东大积淀百年的优良传统。