内蒙古包头博物馆标志的整体外形为红色的大写M字形，边缘做残痕处理，M是英文博物馆“MUSEUM”的第一个字母，代表着博物馆，M字母顶端高低不平和边缘的残痕为包头境内秦长城、赵长城的象形，寓意着久远的长城文化。中心图案为白色的鹿回头图案，造型取自包头市固阳县前公中村的“鹿回头”古代岩画。红色代表热烈向上，时代的奋进。图案下方的横线代表着地平线，文字为蒙、汉、英三种文字的包头博物馆馆名。