杭州六中的校微选用圆形，象征六中人和谐相处，同心同德。校微以大红为底色，象征六中人的热情奔放，活力四射；红色还预示着六中的教育事业红红火火，喜庆连连。

校微上半圈是金色的杭州六中的英文写法，表明杭州六中是“杭州市招收外国学生学校”。

校微中的图案设计以阿拉伯数字“6”、绿芽、花朵为元素，代表着六中承扬“以德为根本，厚德载文，德文双馨”的历史精华；数字“6”与绿芽结合在一起，自下而上，逐渐放大，展示着六中人团结一致、奋发向上、追求卓越的精神。图形涂以金色，寓意着六中人所从事的是阳光事业，无私奉献是每一位老师的精神底色；让“杭州市初中小班化教育实验学校”成为六中的金字招牌是全体六中人的共同追求。