南京农业大学校校徽主体造型采用同心圆环图形，似充满动感的车轮，寓意着学校滚滚向前的发展态势，象征全校师生员工凝心聚力、追求卓越的坚定信念和团结、勤奋、求实、创新的优良校风。两圆环之间上半部分为学校中文手书体名称 (费新我题写)，下半部分为英文校名“NANJING AGRICULTURAL UNIVERSITY”，标识内心设计以大写的英文校名简称（NAU）变形组合成学校的标志性建筑“主楼”的造型图案，其下方为我校办学起始年份“1902”，其外部采用两株交叉联结的成熟麦穗向上环抱，象征学校的发展系建立在原中央大学农学院和金陵大学农学院两个重要前身及众多先辈们奋斗成果的基础之上，构图简洁，尊重历史，彰显了我校悠久的历史文化底蕴和以农科为优势的办学特色，寓意着我校人才培养、科学研究和服务社会等各项事业不断取得累累硕果。 

南京农业大学校校徽采用三色设计，其中，标识内心“主楼”造型图案的色彩处理采用深绿色，色标为C:80/M:0/Y:100/K:0，象征南京农业大学蓬勃的发展生机和活力，也与我校“绿色校园”的办学特色相吻合；两株麦穗以金黄色为主基调,并自上往下渐变加深,色标为C:10/M:10/Y:80/K:0~C:30/M:50/Y:60/K:40，象征学校在发展中国高等教育事业上取得累累硕果，也与我校农科优势的历史地位相吻合；同心圆形轮廓以蓝色为主基调，色标为C:100/M:80/Y:0/K:0，蓝白相间，中英文对照明目清晰，标识内心“1902”也采用与圆环相同的蓝色，内外呼应，象征学校一百多年的发展历程就像蔚蓝的天空一样广阔灿烂，也与我校建设世界一流农业大学的战略目标相吻合。